各インターフェイス

1. Control Panel

　Control Panelは、ファイルの読み書き、他のインターフェイスの操作、BASの解析の実行、停止といった操作を行うG-Language Environment の中心となるインターフェイスである。

ファイル(F)	Load Script	スクリプトファイルを読みこむ
	Exit	G-Language Systemを終了する
ヘルプ(H)	www.g-language.org	G-LanguageのHPにジャンプする
	About	作者一覧

　クリックすることで、Configure BAS Windowを開き、BASの設定を行える。

* Generateボタン

　configureした解析スクリプトをファイルに出力する

* Excuteボタン

　G-Language Environment を実行する。

* Progressバー

　BASなどのG-Language Environmentの進行状況を棒グラフで表示する。

2. System Console Window

図．2　System Cosole Window

3. Configure BAS Window

　BAS（Bacteria Analysis System）を用い解析を行う際、直感的な操作を行うことができる。現在、１０のクラスにからなる２４のメソッドを利用することができる。基本的な操作は共通であるが、各メソッドごとに特異なオプションもある。各メソッドに共通する基本的な使い方は、まずデータベース設定部で、解析に読み込むデータを指定する。デフォルトでは、Genbankのマイコプラズマ菌を指定している。次に、メソッド設定部で解析に用いるメソッド選択する。ON/OFFボタンはメソッドのスイッチとなっており、各メソッドのEditボタンをクリックすると各メソッドごとのオプション設定画面がウィンドウの右側に表示される。Orderボックスに数字を指定することで、出力結果の順番を設定することができる。各メソッドには共通で基本的なオプションがある。配列指定ボックス(instance_G)で解析の際に読み込む配列を指定し、出力形式指定ボックス(output)で,出力形式を指定できる。デフォルトですでに設定してあるので、特に目的がなければ指定しなくてもよい。'返り値指定ボックス(Return)は、解析した結果を他のメソッドに引き続き用いたい時に、返り値を他のメソッドに指定することができる。最低限必要なことは、instance_Gに読み込む配列を指定することである。最後にSaveボタン、Save Asボタンでファイルに保存し、先ほど述べたControl Panelにて、解析を実行する。

図.3 Configure BAS Window

　解析に用いるデータを指定する。

* メソッド表示部

　解析に用いるメソッドを指定する。

* オプション表示部

　解析に用いるメソッドのオプションを指定する。

* Editボタン

　ボタンをクリックし、解析に用いるメソッドのオプション設定部をウィンドウの右側に表示させる。

* ON/OFFボタン

　ボタンをクリックし、解析に用いるメソッドのスイッチのON/OFFを操作する。

* Closeボタン

　Configure BAS window を閉じる。

* 配列指定ボックス(instance_G)

　読み込む配列を指定する。ex. gb, gb->{SEQ}

* 出力形式指定ボックス(output)

　解析結果の出力形式を指定する。メソッドごとに多少違いがあるが、基本的にはf,g,showの三つである。以下にoutputオプションの引数の意味を示す。

-output	f	データをファイルに保存する
	g	結果をグラフ表示させる
	show	解析結果を自動的に表示させる

　あるメソッドを用いて解析した結果を、違うメソッドを用いて引き続き解析をおこなう際に、返り値が設定できるようになっている。

4.Text output window

以下のテキスト形式の標準出力結果は、すべてのメソッドにおいて実行後、出力される。

図.４　Text Output

図.５　genomics GCskew

図.６　codon usage


図.７　genome map