G::Seq
Operon
G::Seq::Operon - Perl extension for blah blah blah
|
| Globals (from use vars definitions) |
| @EXPORT |
| $VERSION |
| @EXPORT_OK |
use G::Seq::Operon;
blah blah blah
|
Stub documentation for G::Seq::Operon was created by h2xs. It looks like the
author of the extension was negligent enough to leave the stub
unedited.
Blah blah blah.
|
| DESTROY | No description | Code |
| new | No description | Code |
| set_operon | No description | Code |
Methods description
Methods code
sub DESTROY
{ my $self = shift;
}
sub new
{ my $this = shift;
return $this;}
sub set_operon
{ my @args = opt_get(@_);
my $gb = shift @args;
if ($gb->{LOCUS}->{id} eq 'U00096'){
my %op = (
"b1213", "kdsA", "flhB", "flhBA", "araH_1", "araFGH", "nuoC", "nuo",
"glcF", "glc", "yhbJ", "rpoN", "mhpA", "mhp", "mhpC", "mhp",
"mhpD", "mhp", "mhpE", "mhp", "b4103", "phn", "ylcA", "copRS",
"ybcZ", "copRS", "accA", "lpx", "accB", "accBC", "accC", "accBC",
"accD", "hisT", "aceA", "ace", "aceB", "ace", "aceE", "aceEF",
"aceF", "aceEF", "aceK", "ace", "ackA", "ackA-pta", "acpP", "fabDGacpP",
"acpS", "pdxJ", "acrA", "acrAB", "acrB", "acrAB", "acrE", "acrEF",
"acrF", "acrEF", "ada", "ada-alkB", "agaA", "aga", "agaB", "aga",
"agaC", "aga", "agaD", "aga", "agaI", "aga", "agaS", "aga",
"agaV", "aga", "agaW", "aga", "agaY", "aga", "agaZ", "aga",
"alkB", "ada-alkB", "amiA", "amiAhemF", "amiB", "amiB", "ampD", "ampDE",
"ampE", "ampDE", "apaG", "surA-pdxA-ksgA-apaGH", "apaH", "surA-pdxA-ksgA-apaGH", "appA", "appCBA",
"appB", "appCBA", "appC", "appCBA", "araA", "araBAD", "araB", "araBAD",
"araD", "araBAD", "araG", "araFGH", "araH_2", "araFGH", "argB", "argECBH",
"argC", "argECBH", "argH", "argECBH", "aroB", "dam", "aroF", "tyr",
"aroK", "dam", "arsB", "arsBC", "arsC", "arsBC", "arsR", "arsBC",
"artI", "artPIQMJ", "artJ", "artPIQMJ", "artM", "artPIQMJ", "artP", "artPIQMJ",
"artQ", "artPIQMJ", "ascB", "ascFB", "ascF", "ascFB", "atoA", "atoDAB",
"atoB", "atoDAB", "atoC", "atoSC", "atoD", "atoDAB", "atoS", "atoSC",
"atpA", "atp", "atpB", "atp", "atpC", "atp", "atpD", "atp",
"atpE", "atp", "atpF", "atp", "atpG", "atp", "atpH", "atp",
"atpI", "atp", "baeR", "baeSR", "baeS", "baeSR", "basR", "basRS",
"basS", "basRS", "bglB", "bglGFB", "bglF", "bglGFB", "bglG", "bglGFB",
"bioB", "bioBFCD", "bioC", "bioBFCD", "bioD", "bioBFCD", "bioF", "bioBFCD",
"btuC", "btuCED", "btuD", "btuCED", "btuE", "btuCED", "cadA", "cad",
"cadB", "cad", "caiA", "cai", "caiB", "cai", "caiC", "cai",
"caiD", "cai", "caiE", "cai", "caiT", "cai", "carA", "carAB",
"carB", "carAB", "ccmA", "ccmABCDEFGH", "ccmB", "ccmABCDEFGH", "ccmC", "ccmABCDEFGH",
"ccmD", "ccmABCDEFGH", "ccmE", "ccmABCDEFGH", "ccmF", "ccmABCDEFGH", "ccmH", "ccmABCDEFGH",
"celA", "celABCDF", "celB", "celABCDF", "celC", "celABCDF", "celD", "celABCDF",
"celF", "celABCDF", "cheA", "motABcheAW", "cheB", "cheRBYZ", "cheR", "cheRBYZ",
"cheW", "motABcheAW", "cheY", "cheRBYZ", "cheZ", "cheRBYZ", "chpA", "relA",
"chpB", "chpSB", "chpR", "relA", "chpS", "chpSB", "clpP", "clpPX",
"clpX", "clpPX", "cmk", "rpsA", "cobS", "cobUST", "cobT", "cobUST",
"cobU", "cobUST", "codA", "codBA", "codB", "codBA", "cpxA", "cpxAR",
"cpxR", "cpxAR", "creA", "creABCD", "creB", "creABCD", "creC", "creABCD",
"creD", "creABCD", "crr", "pts", "csgA", "csgBA", "csgB", "csgBA",
"csgD", "csgDEFG", "csgE", "csgDEFG", "csgF", "csgDEFG", "csgG", "csgDEFG",
"cvpA", "purF", "cydA", "cyd", "cydB", "cyd", "cynS", "cynTSX",
"cynT", "cynTSX", "cynX", "cynTSX", "cyoA", "cyoABCDE", "cyoB", "cyoABCDE",
"cyoC", "cyoABCDE", "cyoD", "cyoABCDE", "cyoE", "cyoABCDE", "cysA", "cysPTWAM",
"cysC", "cysDNC", "cysD", "cysDNC", "cysH", "cysJIH", "cysI", "cysJIH",
"cysJ", "cysJIH", "cysM", "cysPTWAM", "cysN", "cysDNC", "cysP", "cysPTWAM",
"cysU", "cysPTWAM", "cysW", "cysPTWAM", "dadA", "dadAX", "dadX", "dadAX",
"dam", "dam", "damX", "dam", "dapA", "dapAnlp", "dcd", "dcd",
"dcm", "dcm-vsr", "ddlB", "murGC", "dedA", "hisT", "dedD", "dedCD",
"def", "def-fmt", "deoA", "deoAB", "deoB", "deoAB", "deoC", "deoAB",
"deoD", "deoAB", "dfp", "dfp-dut", "dicB", "dicB", "dmsA", "dmsABC",
"dmsB", "dmsABC", "dmsC", "dmsABC", "dnaA", "dnaA", "dnaC", "dnaTC",
"dnaE", "lpx", "dnaG", "rpsU-dnaG-rpoD", "dnaJ", "dnaK", "dnaK", "dnaK",
"dnaN", "dnaA", "dnaT", "dnaTC", "dppA", "dpp", "dppB", "dpp",
"dppC", "dpp", "dppD", "dpp", "dppF", "dpp", "dsbE", "ccmABCDEFGH",
"dsdA", "dsdXA", "dsdX", "dsdXA", "dut", "dfp-dut", "ebgA", "ebgAC",
"ebgC", "ebgAC", "ecpD", "htrE", "eda", "edd-eda", "edd", "edd-eda",
"entA", "entCEBA", "entB", "entCEBA", "entC", "entCEBA", "entE", "entCEBA",
"envZ", "ompB", "era", "rnc", "fabD", "fabDGacpP", "fabG", "fabDGacpP",
"fabZ", "lpx", "fadA", "fadBA", "fadB", "fadBA", "fdnG", "fdnGHI",
"fdnH", "fdnGHI", "fdnI", "fdnGHI", "fecA", "fecABCDE", "fecB", "fecABCDE",
"fecC", "fecABCDE", "fecD", "fecABCDE", "fecE", "fecABCDE", "feoA", "feoAB",
"feoB", "feoAB", "fepC", "fepDGC", "fepD", "fepDGC", "fepG", "fepDGC",
"fhuA", "fhuACDB", "fhuB", "fhuACDB", "fhuC", "fhuACDB", "fhuD", "fhuACDB",
"fic", "fic-pabA", "fis", "fis", "fixA", "fix", "fixB", "fix",
"fixC", "fix", "flgA", "flgAMN", "flgB", "flgBCDEFGHI", "flgC", "flgBCDEFGHI",
"flgD", "flgBCDEFGHI", "flgE", "flgBCDEFGHI", "flgF", "flgBCDEFGHI", "flgG", "flgBCDEFGHI",
"flgH", "flgBCDEFGHI", "flgI", "flgBCDEFGHI", "flgK", "flgKL", "flgL", "flgKL",
"flgM", "flgAMN", "flgN", "flgAMN", "flhA", "flhBA", "flhC", "flhDC",
"flhD", "flhDC", "fliA", "fliAZY", "fliD", "fliDST", "fliF", "fliFGHIJK",
"fliG", "fliFGHIJK", "fliH", "fliFGHIJK", "fliI", "fliFGHIJK", "fliJ", "fliFGHIJK",
"fliK", "fliFGHIJK", "fliL", "fliLMNOPQR", "fliM", "fliLMNOPQR", "fliN", "fliLMNOPQR",
"fliO", "fliLMNOPQR", "fliP", "fliLMNOPQR", "fliQ", "fliLMNOPQR", "fliR", "fliLMNOPQR",
"fliS", "fliDST", "fliT", "fliDST", "fliY", "fliAZY", "fliZ", "fliAZY",
"fmt", "def-fmt", "fmu", "def-fmt", "folC", "dedCD", "frdA", "frd",
"frdB", "frd", "frdC", "frd", "frdD", "frd", "frr", "rpsB",
"fruA", "fru", "fruB", "fru", "fruK", "fru", "frvA", "frv",
"frvB", "frv", "frvX", "frv", "ftsE", "ftsYEX", "ftsX", "ftsYEX",
"ftsY", "ftsYEX", "fucA", "fucAO", "fucI", "fucPIK", "fucK", "fucPIK",
"fucO", "fucAO", "fucP", "fucPIK", "fucR", "fucPIK", "fucU", "fucPIK",
"fusA", "str", "galE", "gal", "galK", "gal", "galM", "gal",
"galT", "gal", "gatA", "gat", "gatB", "gat", "gatC", "gat",
"gatD", "gat", "gatY", "gat", "gatZ", "gat", "gcvH", "gcv",
"gcvP", "gcv", "gcvT", "gcv", "glcB", "glc", "glcD", "glc",
"glcG", "glc", "glgA", "glgBXCAP", "glgB", "glgBXCAP", "glgC", "glgBXCAP",
"glgP", "glgBXCAP", "glgX", "glgBXCAP", "glmS", "glmUS", "glmU", "glmUS",
"glnA", "glnALG", "glnG", "glnALG", "glnH", "glnHPQ", "glnL", "glnALG",
"glnP", "glnHPQ", "glnQ", "glnHPQ", "glpA", "glpABC", "glpB", "glpABC",
"glpC", "glpABC", "glpF", "glpFK", "glpK", "glpFK", "glpQ", "glpTQ",
"glpT", "glpTQ", "gltB", "gltBDF", "gltD", "gltBDF", "gltF", "gltBDF",
"gltJ", "gltJKL", "gltK", "gltJKL", "gltL", "gltJKL", "glvB", "glvCBG",
"glvC", "glvCBG", "glvG", "glvCBG", "glyQ", "glyQS", "glyS", "glyQS",
"gmk", "spoT", "gntK", "gntKU", "gph", "dam", "guaA", "guaBA",
"guaB", "guaBA", "gusC", "uidABC", "gutM", "srlABD", "gutQ", "srlABD",
"hemA", "kdsA", "hemC", "hem", "hemD", "hem", "hemF", "amiAhemF",
"hemK", "kdsA", "hemX", "hem", "hemY", "hem", "hflC", "hflA",
"hflK", "hflA", "hflX", "hflA", "hfq", "amiB", "hipA", "hip",
"hipB", "hip", "hisA", "hisGDCBHAFE", "hisB", "hisGDCBHAFE", "hisC", "hisGDCBHAFE",
"hisD", "hisGDCBHAFE", "hisF", "hisGDCBHAFE", "hisG", "hisGDCBHAFE", "hisH", "hisGDCBHAFE",
"hisI", "hisGDCBHAFE", "hisM", "hisMP", "htrE", "htrE", "hyaA", "hya",
"hyaB", "hya", "hyaC", "hya", "hyaD", "hya", "hyaE", "hya",
"hyaF", "hya", "hybA", "hyb", "hybB", "hyb", "hybC", "hyb",
"hybD", "hyb", "hybE", "hyb", "hybF", "hyb", "hybG", "hyb",
"hycA", "hyc", "hycB", "hyc", "hycC", "hyc", "hycD", "hyc",
"hycE", "hyc", "hycF", "hyc", "hycG", "hyc", "hycH", "hyc",
"hydG", "hydHG", "hydH", "hydHG", "hypA", "hypABCDE", "hypB", "hypABCDE",
"hypC", "hypABCDE", "hypD", "hypABCDE", "hypE", "hypABCDE", "ileS", "ileS-lsp",
"ilvA", "ilvGMEDA", "ilvB", "ilvBN", "ilvD", "ilvGMEDA", "ilvE", "ilvGMEDA",
"ilvH", "ilvIH", "ilvI", "ilvIH", "ilvM", "ilvGMEDA", "ilvN", "ilvBN",
"infB", "nusA", "kbl", "tdh", "kdpA", "kdpABC", "kdpB", "kdpABC",
"kdpC", "kdpABC", "kdpD", "kdpABC", "kdpE", "kdpABC", "kdtA", "kdtAB",
"kdtB", "kdtAB", "ksgA", "surA-pdxA-ksgA-apaGH", "lacA", "lac", "lacY", "lac",
"lacZ", "lac", "lamB", "malK-lamB", "lctD", "lct", "lctR", "lct",
"lepA", "lepAB", "lepB", "lepAB", "leuA", "leu", "leuB", "leu",
"leuC", "leu", "leuD", "leu", "livF", "livKHMGF", "livG", "livKHMGF",
"livH", "livKHMGF", "livK", "livKHMGF", "livM", "livKHMGF", "lldP", "lct",
"lpdA", "aceEF", "lpxA", "lpx", "lpxB", "lpx", "lpxD", "lpx",
"lspA", "ileS-lsp", "lysS", "prfBlysS", "malE", "malEFG", "malF", "malEFG",
"malG", "malEFG", "malK", "malK-lamB", "malM", "malK-lamB", "malP", "malPQ",
"malQ", "malPQ", "malX", "malXY", "malY", "malXY", "manX", "manXYZ",
"manY", "manXYZ", "manZ", "manXYZ", "marA", "marRAB", "marB", "marRAB",
"marR", "marRAB", "mazG", "relA", "mdoG", "mdoGH", "mdoH", "mdoGH",
"melA", "melAB", "melB", "melAB", "menB", "menFDBCE", "menC", "menFDBCE",
"menD", "menFDBCE", "menE", "menFDBCE", "menF", "menFDBCE", "metB", "metBL",
"metL", "metBL", "mglA", "mglBA", "mglB", "mglBA", "mglC", "mglBA",
"mhpB", "mhp", "mhpF", "mhp", "miaA", "amiB", "moaA", "moaABCDE",
"moaB", "moaABCDE", "moaC", "moaABCDE", "moaD", "moaABCDE", "moaE", "moaABCDE",
"modA", "modABC", "modB", "modABC", "modC", "modABC", "moeA", "moeAB",
"moeB", "moeAB", "mopA", "groE", "mopB", "groE", "motA", "motABcheAW",
"motB", "motABcheAW", "mrdA", "mrdAB", "mrdB", "mrdAB", "mtlA", "mtlAD",
"mtlD", "mtlAD", "mukB", "smtAmukFEB", "mukE", "smtAmukFEB", "mukF", "smtAmukFEB",
"murC", "murGC", "murG", "murGC", "mutL", "amiB", "nagA", "nagBACD",
"nagB", "nagBACD", "nagC", "nagBACD", "nagD", "nagBACD", "napA", "napAGHBC",
"napB", "napAGHBC", "napC", "napAGHBC", "napG", "napAGHBC", "napH", "napAGHBC",
"narG", "narGHJI", "narH", "narGHJI", "narI", "narGHJI", "narJ", "narGHJI",
"narL", "narXL", "narV", "narZYWV", "narW", "narZYWV", "narX", "narXL",
"narY", "narZYWV", "narZ", "narZYWV", "nikA", "nikABCDE", "nikB", "nikABCDE",
"nikC", "nikABCDE", "nikD", "nikABCDE", "nikE", "nikABCDE", "nirB", "nirBDC",
"nirC", "nirBDC", "nirD", "nirBDC", "nlpB", "dapAnlp", "nrdA", "nrdAB",
"nrdB", "nrdAB", "nrdE", "nrdEF", "nrdF", "nrdEF", "nrfA", "nrf",
"nrfB", "nrf", "nrfC", "nrf", "nrfD", "nrf", "nrfE", "nrf",
"nrfF", "nrf", "nrfG", "nrf", "nuoA", "nuo", "nuoB", "nuo",
"nuoE", "nuo", "nuoF", "nuo", "nuoG", "nuo", "nuoH", "nuo",
"nuoI", "nuo", "nuoJ", "nuo", "nuoK", "nuo", "nuoL", "nuo",
"nuoM", "nuo", "nuoN", "nuo", "nusA", "nusA", "nusG", "secE-nusG",
"ompR", "ompB", "oppA", "oppABCDF", "oppB", "oppABCDF", "oppC", "oppABCDF",
"oppD", "oppABCDF", "oppF", "oppABCDF", "otsA", "otsBA", "otsB", "otsBA",
"pabA", "fic-pabA", "panF", "prmA", "pdxA", "surA-pdxA-ksgA-apaGH", "pdxB", "hisT",
"pdxH", "pdxH-tyrS", "pdxJ", "pdxJ", "pheS", "pheST", "pheT", "pheST",
"phnC", "phn", "phnD", "phn", "phnE", "phn", "phnF", "phn",
"phnG", "phn", "phnH", "phn", "phnI", "phn", "phnJ", "phn",
"phnK", "phn", "phnL", "phn", "phnM", "phn", "phnN", "phn",
"phnO", "phn", "phnP", "phn", "phnQ", "phn", "phoB", "phoBR",
"phoP", "phoPQ", "phoQ", "phoPQ", "phoR", "phoBR", "pnp", "rpsO-pnp",
"potE", "speFpotE", "potF", "potFGHI", "potG", "potFGHI", "potH", "potFGHI",
"potI", "potFGHI", "ppk", "ppx", "ppx", "ppx", "pqiA", "pqiAB",
"pqiB", "pqiAB", "prfA", "kdsA", "prfB", "prfBlysS", "priB", "rpsF-rplI",
"prlA", "spc", "prmA", "prmA", "proA", "proBA", "proB", "proBA",
"proV", "proVWX", "proW", "proVWX", "proX", "proVWX", "pspA", "pspABCDE",
"pspB", "pspABCDE", "pspC", "pspABCDE", "pspD", "pspABCDE", "pspE", "pspABCDE",
"pta", "ackA-pta", "ptr", "ptr-recBD", "ptsH", "pts", "ptsI", "pts",
"ptsN", "rpoN", "ptsO", "rpoN", "purD", "purHD", "purE", "purEK",
"purF", "purF", "purH", "purHD", "purK", "purEK", "purM", "purMN",
"purN", "purMN", "pyrB", "pyrBI", "pyrE", "rph-pyrE", "pyrF", "pyrF",
"pyrH", "rpsB", "pyrI", "pyrBI", "queA", "secD", "rbfA", "rbfAtruB",
"rbsA", "rbs", "rbsB", "rbs", "rbsC", "rbs", "rbsD", "rbs",
"rbsK", "rbs", "recB", "ptr-recBD", "recD", "ptr-recBD", "recF", "dnaA",
"recG", "spoT", "recO", "rnc", "recR", "recR", "relA", "relA",
"rfaB", "rfa", "rfaG", "rfa", "rfaI", "rfa", "rfaJ", "rfa",
"rfaP", "rfa", "rfaQ", "rfa", "rfaS", "rfa", "rfbA", "rfb",
"rfbB", "rfb", "rfbC", "rfb", "rfbD", "rfb", "rfbX", "rfb",
"rfc", "rfb", "rhaA", "rhaBAD", "rhaB", "rhaBAD", "rhaD", "rhaBAD",
"rnc", "rnc", "rnhB", "lpx", "rnpA", "rpmH", "rpe", "dam",
"rph", "rph-pyrE", "rpiA", "serA", "rplA", "L11", "rplB", "S10",
"rplC", "S10", "rplD", "S10", "rplE", "spc", "rplF", "spc",
"rplI", "rpsF-rplI", "rplJ", "beta", "rplK", "L11", "rplL", "beta",
"rplM", "rplMrpsI", "rplN", "spc", "rplO", "spc", "rplP", "S10",
"rplQ", "alpha", "rplR", "spc", "rplS", "trmD", "rplU", "rplUrpmA",
"rplV", "S10", "rplW", "S10", "rplX", "spc", "rpmA", "rplUrpmA",
"rpmC", "S10", "rpmD", "spc", "rpmF", "rpmF", "rpmH", "rpmH",
"rpmJ", "spc", "rpoA", "alpha", "rpoB", "beta", "rpoC", "beta",
"rpoD", "rpsU-dnaG-rpoD", "rpoN", "rpoN", "rpoZ", "spoT", "rpsA", "rpsA",
"rpsB", "rpsB", "rpsC", "S10", "rpsD", "alpha", "rpsE", "spc",
"rpsF", "rpsF-rplI", "rpsG", "str", "rpsH", "spc", "rpsI", "rplMrpsI",
"rpsJ", "S10", "rpsK", "alpha", "rpsL", "str", "rpsM", "alpha",
"rpsN", "spc", "rpsO", "rpsO-pnp", "rpsP", "trmD", "rpsQ", "S10",
"rpsR", "rpsF-rplI", "rpsS", "S10", "rpsU", "rpsU-dnaG-rpoD", "rstA", "rst",
"rstB", "rst", "ruvA", "ruvAB", "ruvB", "ruvAB", "sapA", "sap",
"sapB", "sap", "sapC", "sap", "sapD", "sap", "sapF", "sap",
"sdaB", "sdaCB", "sdaC", "sdaCB", "sdhA", "sdhCDAB", "sdhB", "sdhCDAB",
"sdhC", "sdhCDAB", "sdhD", "sdhCDAB", "secD", "secD", "secE", "secE-nusG",
"secF", "secD", "serA", "serA", "serB", "serBsms", "sms", "serBsms",
"smtA", "smtAmukFEB", "speD", "speED", "speE", "speED", "speF", "speFpotE",
"spoT", "spoT", "spoU", "spoT", "srlB", "srlABD", "srlD", "srlABD",
"srlR", "srlABD", "sspA", "sspAB", "sspB", "sspAB", "sucA", "sucABCD",
"sucB", "sucABCD", "sucC", "sucABCD", "sucD", "sucABCD", "surA", "surA-pdxA-ksgA-apaGH",
"tap", "cheRBYZ", "tar", "cheRBYZ", "tdcA", "tdc", "tdcB", "tdc",
"tdcC", "tdc", "tdh", "tdh", "tehA", "tehAB", "tehB", "tehAB",
"tgt", "secD", "thiC", "thiCEFGH", "thiE", "thiCEFGH", "thiF", "thiCEFGH",
"thiG", "thiCEFGH", "thiH", "thiCEFGH", "thrA", "thr", "thrB", "thr",
"thrC", "thr", "tnaA", "tnaAB", "tnaB", "tnaAB", "tolA", "tolQRA",
"tolB", "tolQRA", "tolQ", "tolQRA", "tolR", "tolQRA", "torA", "torCAD",
"torC", "torCAD", "torD", "torCAD", "treB", "treBC", "treC", "treBC",
"trmD", "trmD", "trpA", "trp", "trpB", "trp", "trpC", "trp",
"trpD", "trp", "trpE", "trp", "trpS", "dam", "truA", "hisT",
"truB", "rbfAtruB", "tsf", "rpsB", "ttdA", "ttdAB", "ttdB", "ttdAB",
"ttk", "dfp-dut", "tufA", "str", "tyrA", "tyr", "tyrS", "pdxH-tyrS",
"ubiA", "ubiCA", "ubiC", "ubiCA", "ubiX", "purF", "ugpA", "ugpBAECQ",
"ugpB", "ugpBAECQ", "ugpC", "ugpBAECQ", "ugpE", "ugpBAECQ", "ugpQ", "ugpBAECQ",
"uhpA", "uhp", "uhpB", "uhp", "uhpC", "uhp", "uhpT", "uhp",
"uidA", "uidABC", "uidB", "uidABC", "umuC", "umuDC", "umuD", "umuDC",
"upp", "upp-uraA", "uraA", "upp-uraA", "usg", "hisT", "uvrC", "uvrYC",
"uvrY", "uvrYC", "uxaA", "uxaCA", "uxaC", "uxaCA", "uxuA", "uxuAB",
"uxuB", "uxuAB", "vsr", "dcm-vsr", "xapA", "xapAB", "xapB", "xapAB",
"xylF", "xylFGH", "xylG", "xylFGH", "xylH", "xylFGH", "xylR", "xylFGH",
"yaaC", "ileS-lsp", "yajC", "secD", "ybaB", "recR", "yceD", "rpmF",
"ychA", "kdsA", "yciH", "pyrF", "ydfA", "dicB", "ydfB", "dicB",
"ydfC", "dicB", "ydfD", "dicB", "ydfE", "dicB", "yefE", "rfb",
"yefG", "rfb", "yefH", "rfb", "yefI", "rfb", "yegA", "dcd",
"yfbB", "menFDBCE", "yfjA", "trmD", "ygjI", "ebgAC", "yhbC", "nusA",
"yhbG", "rpoN", "yhbH", "rpoN", "yhbN", "rpoN", "yhdG", "fis",
"yhdJ", "fis", "yhfG", "fic-pabA", "yjeE", "amiB", "yjeF", "amiB",
);
foreach my $cds ($gb->cds()){
my $gene = $gb->{$cds}->{gene};
if (length($op{$gene})){
$gb->{$cds}->{operon} = $op{$gene};
}
}
msg_error("Operon data loaded.\n");
}else{
msg_error("No Operon data for this species.\n\n");
}
return 1;}
General documentation