None available.
sub _print_tandem
{ &opt_default(print=>"n",filename=>"tandem.csv");
my @args=opt_get(@_);
my $Repeat=shift @args;
my $print=opt_val("print");
my $filename=opt_val("filename");
my $i;
if($print eq "f"){
open(FILE,">>$filename");
foreach(@$Repeat){
print FILE "$$Repeat[$i]{pattern},$$Repeat[$i]{patlength},$$Repeat[$i]{repnumber},$$Repeat[$i]{startpos},$$Repeat[$i]{endpos}\n";
$i++;
}
print FILE "\n\n";
close(FILE);
}
else{
foreach(@$Repeat){
&msg_send("$$Repeat[$i]{pattern}\t$$Repeat[$i]{patlength}\t$$Repeat[$i]{repnumber}\t$$Repeat[$i]{startpos}..$$Repeat[$i]{endpos}\n");
$i++;
}
}} | sub find_tandem
{ &opt_default(PatLength=>3,output=>"stdout",filename=>"tandem.csv");
my @args=opt_get(@_);
my $gb=shift @args;
my $PatLen=opt_val("PatLength");
my $filename=opt_val("filename");
my $output=opt_val("output");
my $SaikiTrup=shift @args;
my $ref_Genome;
my $CountArrayLength;
my $RepeatNumber;
my $NextPattern;
my $BeforePattern;
my $RepeatEndPos;
my $Half;
my $pattern;
my %PatRst;
my @Repeat;
my $i;
if($SaikiTrup==''){
$ref_Genome=\$gb->{SEQ};
$Half=int($PatLen/2);
}
else{
$ref_Genome=$gb;
$Half=$PatLen-1;
}
if($SaikiTrup==1 && $PatLen<1){
return 0;
}
else{
for($CountArrayLength=0;$CountArrayLength<=length($$ref_Genome)-$PatLen;$CountArrayLength++){
$RepeatNumber=1;
$pattern=substr($$ref_Genome,$CountArrayLength,$PatLen);
$NextPattern=substr($$ref_Genome,$CountArrayLength+$PatLen,$PatLen);
if($pattern eq $NextPattern || $SaikiTrup==1){
if($SaikiTrup==''){
if($pattern=~/n/){
$PatRst{$pattern}=1;
}
elsif($PatRst{$pattern}==''){
$PatRst{$pattern}=find_tandem(\$pattern,-PatLength=>$Half,1);
}
}
else{
$PatRst{$pattern}=find_tandem($ref_Genome,-PatLength=>$Half,1);
}
if($PatRst{$pattern}==1 && $SaikiTrup==1){
last;
}
if($PatRst{$pattern}==0){
if($CountArrayLength-$PatLen>=0){
$BeforePattern=substr($$ref_Genome,$CountArrayLength-$PatLen,$PatLen);
}
if($pattern ne $BeforePattern){
while($pattern eq $NextPattern){
$RepeatNumber++;
$NextPattern=substr($$ref_Genome,$CountArrayLength+$PatLen*$RepeatNumber,$PatLen);
}
}
if($RepeatNumber!=1){
$RepeatEndPos=$CountArrayLength+$PatLen*$RepeatNumber;
if($SaikiTrup==''){
$Repeat[$i]{pattern}=$pattern;
$Repeat[$i]{patlength}=$PatLen;
$Repeat[$i]{repnumber}=$RepeatNumber;
$Repeat[$i]{startpos}=$CountArrayLength+1;
$Repeat[$i]{endpos}=$RepeatEndPos;
$i++;
}
$CountArrayLength=$CountArrayLength+$PatLen*$RepeatNumber-1;
}
}
}
}
if($SaikiTrup==''){
if($output eq "f"){
_print_tandem(\@Repeat,-print=>"f",-filename=>$filename);
}
if($output eq "stdout"){
_print_tandem(\@Repeat);
}
return\@ Repeat;
}
elsif($RepeatNumber*$PatLen==length($$ref_Genome) || $PatRst{$pattern}==1){
return 1;
}
elsif($RepeatNumber*$PatLen!=length($$ref_Genome)){
return 0;
}
}} | sub foreach_tandem
{ &opt_default(MaxLength=>3,MinLength=>2,output=>"stdout",filename=>"tandem.csv");
my @args=opt_get(@_);
my $gb=opt_as_gb(shift @args);
my $MaxLen=opt_val("MaxLength");
my $MinLen=opt_val("MinLength");
my $output=opt_val("output");
my $filename=opt_val("filename");
my $d;
my $c;
my $q;
my $Repeat;
my @Result;
my @Result_tmp;
my $start;
my $end;
my $i;
for($d=$MaxLen;$d>$MinLen-1;$d--){
$Repeat=find_tandem($gb,-PatLength=>$d,-output=>"n");
$q=0;
$c=0;
while(defined($$Repeat[$c])){
$start=$$Repeat[$c]{startpos};
$end=$$Repeat[$c]{endpos};
while(defined($Result[$q])){
if($Result[$q]{startpos}<=$start && $Result[$q]{endpos}>=$end){
$$Repeat[$c]{pattern}='0';
last;
}
elsif($Result[$q]{startpos}<=$start && $Result[$q]{endpos}>=$start && $Result[$q+1]{startpos}<=$end && $Result[$q+1]{endpos}>=$end){
$i=0;
while($i*$$Repeat[$c]{patlength}+$start<$Result[$q]{endpos}){
$i++;
}
if($$Repeat[$c]{endpos}-$$Repeat[$c]{startpos}-$i*$$Repeat[$c]{patlength}>$$Repeat[$c]{patlength}){
$$Repeat[$c]{repnumber}=$$Repeat[$c]{repnumber}-$i;
$$Repeat[$c]{startpos}=$$Repeat[$c]{startpos}+$i*$$Repeat[$c]{patlength};
}
else{
$$Repeat[$c]{pattern}='0';
}
$i=0;
while($end-$i*$$Repeat[$c]{patlength}>$Result[$q+1]{startpos}){
$i++;
}
if($$Repeat[$c]{endpos}-$$Repeat[$c]{startpos}-$i*$$Repeat[$c]{patlength}>$$Repeat[$c]{patlength}){
$$Repeat[$c]{repnumber}=$$Repeat[$c]{repnumber}-$i;
$$Repeat[$c]{endpos}=$$Repeat[$c]{endpos}-$i*$$Repeat[$c]{patlength};
}
else{
$$Repeat[$c]{pattern}='0';
}
last;
}
elsif($Result[$q]{startpos}<=$start && $Result[$q]{endpos}>=$start && $Result[$q]{endpos}<$end){
$i=0;
while($i*$$Repeat[$c]{patlength}+$start<$Result[$q]{endpos}){
$i++;
}
if($$Repeat[$c]{endpos}-$$Repeat[$c]{startpos}-$i*$$Repeat[$c]{patlength}>$$Repeat[$c]{patlength}){
$$Repeat[$c]{repnumber}=$$Repeat[$c]{repnumber}-$i;
$$Repeat[$c]{startpos}=$$Repeat[$c]{startpos}+$i*$$Repeat[$c]{patlength};
}
else{
$$Repeat[$c]{pattern}='0';
}
last;
}
elsif($Result[$q]{startpos}<=$end && $Result[$q]{endpos}>=$end && $Result[$q]{startpos}>$start){
$i=0;
while($end-$i*$$Repeat[$c]{patlength}>$Result[$q]{startpos}){
$i++;
}
if($$Repeat[$c]{endpos}-$$Repeat[$c]{startpos}-$i*$$Repeat[$c]{patlength}>$$Repeat[$c]{patlength}){
$$Repeat[$c]{repnumber}=$$Repeat[$c]{repnumber}-$i;
$$Repeat[$c]{endpos}=$$Repeat[$c]{endpos}-$i*$$Repeat[$c]{patlength};
}
else{
$$Repeat[$c]{pattern}='0';
}
last;
}
elsif($Result[$q]{startpos}>$end){
last;
}
else{
$q++;
}
}
if($$Repeat[$c]{pattern} ne '0'){
@Result=(@Result,$$Repeat[$c]);
}
$q--;
$c++;
}
@Result_tmp=sort{$a->{startpos} <=> $b->{startpos}}@Result;
@Result=();
@Result=@Result_tmp;
}
if($output eq "f"){
_print_tandem(\@Result,-print=>"f",-filename=>$filename);
}
if($output eq "stdout"){
_print_tandem(\@Result);
}
return\@ Result;} |