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restgenomeanalysisjapanese

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haruo
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haruo
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 ====== パターン検索 ====== ====== パターン検索 ======
-塩基配列のパターン検索をする関数として、[[http://​rest.g-language.org/​help/​oligomer_search|oligomer_search]]関数や[[http://​rest.g-language.org/​help/​palindrome|palindrome]]関数が用意されています。例えば、[[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​Inverted_repeat#​Palindrome_vs._inverted_repeat|inverted repeat (5' TTACGnnnnnnCGTAA 3'​)とパリンドローム配列 (5' TTACGCGTAA 3')]]を検索する方法は以下の通りです。+塩基配列のパターン検索を実行する関数群[[http://​www.g-language.org/​documentation/​1.9.0/​lib/​G/​Seq/​PatSearch.html|(PatSearch)]]として、[[http://​rest.g-language.org/​help/​oligomer_search|oligomer_search]]関数や[[http://​rest.g-language.org/​help/​palindrome|palindrome]]関数が用意されています。例えば、[[https://​en.wikipedia.org/​wiki/​Inverted_repeat#​Palindrome_vs._inverted_repeat|inverted repeat]] (5' TTACGnnnnnnCGTAA 3'​)とパリンドローム配列 (5' TTACGCGTAA 3'​)を検索する方法は以下の通りです。
  
 大腸菌ゲノム (ecoli) でオリゴマー TTACGCGTAA が存在する位置を調べるには 大腸菌ゲノム (ecoli) でオリゴマー TTACGCGTAA が存在する位置を調べるには
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   843936,​ttacgaaacagcgtaa,​3112312,​ttacgcacaggcgtaa   843936,​ttacgaaacagcgtaa,​3112312,​ttacgcacaggcgtaa
  
-ヘルプ (http://​rest.g-language.org/​help/​oligomer_search) にあるように、塩基の縮重コード表記("​grtggngg"​)や正規表現("​g[ag]tgg[a-z]gg"​)を使用できます。+ヘルプページ ​(http://​rest.g-language.org/​help/​oligomer_search) にあるように、塩基の縮重コード表記("​grtggngg"​)や正規表現("​g[ag]tgg[a-z]gg"​)を使用できます。
  
 プラスミドF (plasmidf) で10bp以上のパリンドローム配列を検索するには プラスミドF (plasmidf) で10bp以上のパリンドローム配列を検索するには
restgenomeanalysisjapanese.1418456746.txt.gz · Last modified: 2014/12/13 07:45 by haruo