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nismo

Version 2 Nismo 全体像

概要

 インターフェースは以下の4つ。  1. ライブラリーとして  2. インタプリタ経由  3. Inspireクライアント (スタンドアローンGUIアプリケーション)  4. Webアプリケーション

 Gのインタプリタは標準のシェル機能(編集、ヒストリ)を持ち、いくつかのシェルコマンド(ls, cp, mv, rm, cd など)が使える。一行ずつperlのコマンドを実行でき、当然Gの全関数が利用可能である。簡単な解析などはインタラクティブなインタプリタで十分な解析ができる。このインタプリタにはログ機能とデータ保持機能があり、インタプリタを起動するたびに自動的に前回つかった変数がロードされるので、何度も同じデータベースを読み込む必要はない。また、インタプリタで行った解析はログとして出力することができ、このログはそのままPerlのスクリプトとなる。

 どのインタフェースからも、大量に同じ方法で解析を行う場合、例えばコンプリートゲノムの全遺伝子をBLASTにかける、といった場合、クライアント・サーバ機能により分散コンピューティングを意識せずに行うことができる。それぞれGのインタプリタとしての機能を持つ複数のGサーバが多数のコンピュータに存在していることによって、自動的に大量の解析をGクライアントがサーバに作業をふりわけることによってグリッドコンピューティングのように命令を分散することができる。これにより大幅な計算の高速化が望める。これは同一のメモリをもつことを可能にするBluebirdによって実現される。

nismo.txt · Last modified: 2014/01/18 07:44 (external edit)