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NAME 
       G - G言語コア・モジュール in Perl (Prelude) 
 
SYNOPSIS 
        use G;                          # Gのモジュールをインポートします。 
 
        $gb = new G("ecoli.gbk");       # $gbにGのインスタンスを作成します。 
                                        # 同時に、ecoli.gbk を読み込み、 
                                        # アノテーションと塩基配列を読みます。 
                                        # 詳細に関しては、 
                                        # DESCRIPTIONを参照してください。 
 
        $gb->seq_info();                # 塩基配列の基本情報を出力します。 
 
        find_ori_ter(\$gb->{SEQ});      # MTパッケージの関数に 
                                        # リファレンスとして塩基配列を与えます。 
 
 
DESCRIPTION 
        G言語のPreludeコアは大部分の塩基配列データベースを完全にサポートします。 
 
  
        格納されるアノテーション: 
 
 
        LOCUS 
                $gb->{LOCUS}->{id}              -登録番号/アクセッションナンバー 
                $gb->{LOCUS}->{length}          -塩基配列の長さ 
                $gb->{LOCUS}->{nucleotide}      -塩基配列の種類 (例. DNA、RNA) 
                $gb->{LOCUS}->{circular}        -環状ゲノムなら1を、 
                                                 そうでなければ0を返す。 
                $gb->{LOCUS}->{type}            -生物種     (例. BCT、MAM) 
                $gb->{LOCUS}->{date}            -登録日時 
 
        HEADER 
           $gb->{HEADER} 
 
        COMMENT 
           $gb->{COMMENT} 
 
        FEATURE 
                各FEATUREは、番号が付けられ(FEATURE1.. FEATURE 1172)、 
                Genbankのキーを全て含んでいるハッシュ構造です。 
                つまり、ほとんどの場合、FEATURE$iのハッシュは、 
                以下の情報を少なくとも含んでいます: 
 
                $gb->{FEATURE$i}->{start} 
                $gb->{FEATURE$i}->{end} 
                $gb->{FEATURE$i}->{direction} 
                $gb->{FEATURE$i}->{join} 
                $gb->{FEATURE$i}->{note} 
                $gb->{FEATURE$i}->{type}        -CDS、gene、RNA など 
 
                各FEATUREを解析するには、以下のように記述します:  
 
                $i = 1; 
                while(defined(%{$gb->{FEATURE$i}})){ 
 
                        $i ++; 
                } 
 
                以下に示すように、各CDSも類似の様式で格納されます。 
                 
                $gb->{CDS$i}->{start} 
                $gb->{CDS$i}->{end} 
                $gb->{CDS$i}->{direction} 
                $gb->{CDS$i}->{join} 
                $gb->{CDS$i}->{feature}         -number $n for $gb->{FEATURE$n} 
                                                 where "CDS$i" = "FEATURE$n" 
 
                同様に、全てのCDSを解析するには、以下のように記述します: 
  
                $i = 1; 
                while(defined(%{$gb->{CDS$i}})){ 
 
                        $i ++; 
                } 
 
        BASE COUNT 
                $gb->{BASE_COUNT} 
 
        SEQ 
                $gb->{SEQ}              -"ORIGIN"以降の塩基配列データ 
 
 
       サポートされているメソッド: 
 
 
       new() 
 
                  Gのインスタンスを作成します。 
                  第1のオプションはデータベースのファイル名です。デフォルトの形式は 
                  GenBankデータベースです。 
                  第2のオプションは、詳細な動作を指定します。 
                    'without annotation' オプションは、アノテーションを省略します。 
                    'long sequence'      オプションは、ゲノム配列を読むために 
                                         ファイルハンドルのポインタを使用します。 
                                         詳細に関しては、後述する next_seq() メソッド 
                                         を参照してください。 
                    'bioperl'            オプションは、bioperlオブジェクトから 
                                         Gのインスタンスを作成します。 
                                         例. $bp = $bp->next_seq();       # bioperl 
                                             $gb = new G($bp, "bioperl"); # G 
 
                        - 以下のオプションを利用するには、bioperlをインストールして下さい - 
 
                    'Fasta'              オプションは、Fasta 形式のデータベースをロードします。 
                    'EMBL'               オプションは、EMBL  形式のデータベースをロードします。 
                    'swiss'              オプションは、swiss 形式のデータベースをロードします。 
                    'SCF'                オプションは、SCF   形式のデータベースをロードします。 
                    'PIR'                オプションは、PIR   形式のデータベースをロードします。 
                    'GCG'                オプションは、GCG   形式のデータベースをロードします。 
                    'raw'                オプションは、raw   形式のデータベースをロードします。 
                    'ace'                オプションは、ace   形式のデータベースをロードします。 
 
 
       complement() 
 
                  塩基配列を与えると、その相補的配列を返します。 
                  例. complement('atgc'); は、'gcat' を返します。 
 
 
       translate() 
 
                  塩基配列を与えると、それを翻訳してアミノ酸配列を返します。 
                  この際、標準的なコドン・テーブルが使用されます。 
                  例. translate('ctggtg'); は、'LV' を返します。 
 
 
       $gb->seq_info() 
 
                  ゲノムの基本情報をSTDOUTへ出力します。 
 
 
       $gb->DESTROY() 
 
                  Gのインスタンスを破壊します。 
 
 
       $gb->del_key() 
 
                  オブジェクトを与えると、それをGのインスタンス構造から削除します。 
                  例. $gb->del_key('FEATURE1'); は、'FEATURE1' のハッシュを削除します。 
 
 
       $gb->getseq() 
 
                  (Perlのように 0 から始まる)開始位置と終了位置を与えると、 
                  指定された塩基配列を返します。 
                  例. $gb->getseq(1,3); は、 
                    第2、第3、および第4番目のヌクレオチドを返します。 
 
       $gb->get_gbkseq() 
 
                  (Genbankのように 1 から始まる)開始位置と終了位置を与えると、 
                  指定された塩基配列を返します。 
                  例. $gb->get_gbkseq(1,3); は、 
                    第1、第2、および第3番目のヌクレオチドを返します。 
 
       $gb->get_cdsseq() 
 
                  CDSのIDが与えられると、CDSの塩基配列を返します。 
                  この際、'complement' は適切に変換されます。 
                  例. $gb->get_cdsseq('CDS1'); は、'CDS1' の塩基配列を返します。 
 
 
       $gb->get_geneseq() 
  
                  CDSのIDが与えられると、CDSの塩基配列を返します。あるいは 
                  イントロンが存在する場合にはエクソンの塩基配列を返します。 
                  'complement' は適切に変換され、イントロンはスプライシングされます。 
                  例. $gb->get_geneseq('CDS1'); は、 
                    'CDS1' の塩基配列またはエクソンを返します。 
 
 
       $gb->feature() 
 
                  全FEATUREのオブジェクト名を配列で返します。 
 
                  foreach ($gb->feature()){ 
                      $gb->get_cdsseq($_); 
                  } 
 
                  は、全FEATUREの塩基配列を出力します。 
 
 
       $gb->cds() 
 
                  全CDSのオブジェクト名を配列で返します。 
 
                  !注意! 全てのFEATUREの値へアクセス可能にするために、CDSの 
                  オブジェクト名とは、実際にはFEATUREのオブジェクト名のことです。 
                  しかしながら通常、この違いを意識する必要はありません。 
 
                  foreach ($gb->cds()){ 
                      $gb->get_geneseq($_); 
                  } 
 
                  は、全遺伝子の塩基配列を出力します。 
 
 
       $gb->startcodon() 
 
                  CDSのIDを与えると、開始コドンを返します。 
                  例. $gb->startcodon('CDS1'); は、'atg' を返します。 
 
 
       $gb->stopcodon() 
 
                  CDSのIDを与えると、終止コドンを返します。 
                  例. $gb->stopcodon('CDS1'); は、'tag' を返します。 
 
 
       $gb->before_startcodon() 
 
                  CDSのIDと塩基長を与えると、開始コドン上流の塩基配列を返します。 
                  例. $gb->before_startcodon('CDS1', 100); は、 
                    'CDS1' の開始コドン上流100塩基の配列を返します。 
 
 
       $gb->after_startcodon() 
 
                  CDSのIDと塩基長を与えると、開始コドン下流の塩基配列を返します。 
                  例. $gb->after_startcodon('CDS1', 100); は、 
                    'CDS1' の開始コドン下流100塩基の配列を返します。 
 
 
       $gb->before_stopcodon() 
 
                  CDSのIDと塩基長を与えると、終止コドン上流の塩基配列を返します。 
                  例. $gb->before_stopcodon('CDS1', 100); は、 
                    'CDS1' の停止コドン上流100塩基の配列を返します。 
 
 
       $gb->after_stopcodon() 
 
                  CDSのIDと塩基長を与えると、終止コドン下流の塩基配列を返します。 
                  例. $gb->after_stopcodon('CDS1', 100); は、 
                    'CDS1' の停止コドン下流100塩基の配列を返します。 
 
 
       $gb->get_intron() 
 
                  CDSのIDを与えると、イントロンの塩基配列を返します。 
                  例. $gb->get_intron('CDS1'); は、 
                    ($1st_intron, $2nd_intron,..)を返します。 
 
 
       $gb->get_exon() 
 
                  CDSのIDを与えると、エクソンの塩基配列を返します。 
                  'complement' は適切に変換され、イントロンはスプライシングされます。 
                  例. $gb->get_exon('CDS1'); は、'CDS1' のエクソンを返します。 
 
 
       $gb->next_locus() 
 
                  次のLOCUSを読みます。 
                  その際、Gのインスタンスは更新されます。 
                   
                  do{ 
  
                  }while($gb->next_locus()); 
  
                  と記述することにより、連続して複数のLOCUSを解析することができます。 
 
 
       $gb->next_seq() 
  
                  Gのインスタンスが 'long sequence' オプションで作成される場合、 
                  gb->next_seq() メソッドは、$gb->{SEQ}に次のLOCUSを読み込みます。 
 
                  while($gb->next_seq(100000)){ 
                      print $gb->{SEQ}; 
                  } 
  
                  と記述することにより、連続的に解析することができます。 
 
 
       $gb->rewind_genome() 
 
                  Gのインスタンスが 'long sequence' オプションで作成される場合、 
                  $gb->rewind_genome() メソッドは、ファイルハンドルのポインタを 
                  ORIGINの位置に戻します。 
 
 
AUTHOR 
       Kazuharu Gaou Arakawa, gaou@g-language.org 
 
SEE ALSO 
       perl(1).